Por Araceli 
La caída de París marcó el principio del fin de la Liga, el 27 de marzo Ruan se sometía al monarca, el 8 de abril Vézelay, el 9 de mayo tras un asedio de dos semanas Vervins y Laon el 22 de julio. Obligado a reconciliarse con los liguistas, el 15 de julio firmó en Ruan el «Edicto de Unión» contra los protestantes, y dejó la ciudad portuaria de Boulogne-sur-Mer en manos de la Liga a fin de que estos pudieran recibir a la flota española. La Liga publicó su proclamación el 31 de marzo de 1585 en Péronne, declarando que su intención era que el rey no protegiera a los protestantes, se restableciera el catolicismo como religión única y se obligara al rey a rendir cuentas regularmente a los Estados Generales. Bajo la autoridad de dieciséis regidores, «Los dieciséis», la Liga acabó ahorcando en 1591 al presidente del Parlamento de París, Barnabé Brisson, camiseta fc barcelona un conocido liguista. Confirmó su apoyo firmando el Tratado de Joinville el 31 de diciembre de 1584, en el que quedaba designado como sucesor al trono el Cardenal de Borbón, tío del rey de Navarra y segundo en la línea de sucesión, pero católico. La Liga se opuso encarnizadamente al hugonote Enrique de Navarra, rey legítimo, prefiriendo a un tío suyo, el cardenal Carlos I de Borbón, al que ya llamaban «Carlos X» (fallecido en prisión en 1590). Derrotada en las batallas de Arques en 1589, y de Ivry el 14 de mayo de 1590, y agotada tras dos asedios consecutivos de la capital, la Liga no se desarmó y París resistió.
Ahí fue donde el 2 de agosto de 1589 Enrique III fue asesinado por Jacques Clément, un liguista dominico. Enrique III tuvo que ceder ante las exigencias de la Liga, que había adquirido gran fuerza tras la firma del Tratado de Nemours. El rey logró finalmente un acuerdo con el duque de Saboya, que había apoyado a los miembros de la liga, con el tratado de Lyon en 1601. Lográndose la paz en Francia. Los miembros más extremistas de la Liga impusieron el terror en París, organizando procesiones espectaculares de religiosos armados y procesiones de miles de niños, y encarcelando a los hombres conocidos por su lealtad al Rey, a los que llamaban los «políticos». La llegada a París del duque de Mayenne, hermano de Enrique I de Guisa y jefe de la Liga nobiliaria, para castigar a los extremistas que habían decidido ejecutar a Brisson, marcó una ruptura en el seno de la Liga. Tras siete años de tranquilidad, la crisis resurgió en 1584 tras la muerte del duque de Anjou, hermano del Rey, y la aceptación por este último de que su sucesor fuera su pariente más cercano por línea masculina -de acuerdo con la Ley sálica que regía la sucesión al trono de Francia-, el rey de Navarra Enrique III, un príncipe protestante (que accederá al trono como Enrique IV de Francia).
Este se alió con el rey de Navarra y sus ejércitos sitiaron París. Sin embargo, este se presentó en la capital el 9 de mayo. Sin embargo, esta práctica también puede generar lesiones. Sin embargo, la Liga no se comienza a desarmar hasta el momento en que el rey Enrique IV abjuró del protestantismo el 25 de julio de 1593 en la Basílica de Saint-Denis y retornó al catolicismo. Enrique III decidió entonces acabar con los Guisa con un golpe de efecto. Mientras tanto, los rumores de una insurrección se extendieron por París, y Enrique III prohibió la entrada en la ciudad al Duque de Guisa. Todas las provincias dominadas por la Liga (especialmente Lorena, sede de los Guisa), Champaña, el Midi, Borgoña, Bretaña y Normandía (dominada por Philippe-Emmanuel de Lorraine, duque de Mercoeur, gobernador de Bretaña y cuñado del duque de Guisa) y la región de París, se sublevaron contra el «tirano» Enrique III. Entre los nobles liguistas, solo el duque de Aumale se negó a aliarse con Enrique IV, exiliándose en los Países Bajos Españoles. La UEFA consideraba agregar una competición de tercer nivel desde el 2015, creyendo que un torneo de nivel inferior podría servir como un medio para dar a los clubes de menor rango de los países miembros de la UEFA la posibilidad de avanzar a las fases finales de las dos competiciones continentales existentes, Liga de Campeones y la Liga de Europa, en las que usualmente son eliminados en las fases previas.
La Sorbona relevó a sus miembros de su deber de fidelidad al rey. Enrique IV fue consagrado rey en Chartres el 27 de febrero de 1594 (no puede ser en la tradicional catedral de Reims, ya que está ciudad está controlada por la Liga hasta febrero de 1595), y entró en la capital el 22 de marzo. Enrique I de Guisa se puso entonces al frente de una nueva Liga. Fue el primer equipo europeo que consiguió ganar un triplete: además de conquistar la Copa de la Liga de Escocia y la Glasgow Cup, alzaron la Copa de Europa de 1967 disputada en Lisboa ante el Inter de Milán. Dichas competiciones son: el Campeonato Nacional de Liga, el Campeonato de España de Copa, la Supercopa, y las extintas Copa de la Liga, Copa Eva Duarte y Copa Presidente de la Federación Española de Fútbol. Estos, que eran mayoritariamente favorables a la Liga, le negaron al rey los subsidios. Seguidamente el duque de Guisa fue nombrado lugarteniente general del rey en todo el reino (jefe del ejército). Dirigida como una sociedad secreta, poseía su propio ejército y era mucho más democrática que la Liga de los nobles. Los excesos, su inclinación a favor de un príncipe extranjero, la financiación española, la renuencia a la monarquía, provocaron el alejamiento progresivo de la Liga a partir de 1591, primero de los monárquicos, después de las agrupaciones de las ciudades, una tras otra.